در پنج سال‌آینده، ایران با چالش‌های لجستیکی متعددی روبه‌رو خواهد بود که ریشه در شرایط سیاسی، اقتصادی، علمی و فناوری کشور دارد. در ادامه، این چالش‌ها به‌‌‌‌‌ترتیب اولویت بیان می‌شوند. این مشکلات هزینه‌های قابل‌توجهی را به زنجیره تامین و تولید تحمیل می‌کنند و حتی از رقابت‌پذیری صنایع در عرصه رقابت جهانی می‌‌‌‌‌کاهند.
تحریم‌های بین‌المللی و محدودیت‌های مالی: این چالش به بروز مشکلاتی در پرداخت‌‌‌‌‌های بین‌المللی منجر می‌شود، به این‌معنی که تحریم‌های بانکی و مالی، پرداخت‌‌‌‌‌های لجستیکی را دشوار می‌کند و هزینه مبادلات را افزایش می‌دهد. در همین‌‌‌‌‌حال تحریم به محدودیت در واردات تجهیزات لجستیکی منجر خواهدشد. تحریم‌ها دسترسی به فناوری‌های پیشرفته مانند سیستم‌های مدیریت انبار خودکار(WMS) و ناوگان حمل‌ونقل مدرن را محدود می‌کند. درهمین‌‌‌‌‌حال محدودیت در تعاملات جهانی به افزایش هزینه حمل‌ونقل منجر می‌شود. تحریم‌ها باعث می‌شود شرکت‌های خارجی از همکاری با ایران خودداری کنند و هزینه بیمه و حمل کالا افزایش یابد.
فرسودگی زیرساخت‌های حمل‌ونقل: بخشی از این فرسودگی را باید در جاده‌‌‌‌‌های نامناسب دید. بیش از 30درصد جاده‌‌‌‌‌های اصلی ایران نیاز به بازسازی دارند که باعث افزایش زمان حمل‌ونقل و هزینه تعمیرات می‌شود. ظرفیت محدود بنادر نیز به‌عنوان دیگر شاخصه فرسودگی زیرساخت حمل‌ونقل بررسی می‌شود. بنادر مهمی مانند بندر شهیدرجایی با کمبود اسکله و تجهیزات مدرن مواجه هستند و ترافیک کانتینری در آنها بالا است. شبکه ریلی ناکافی دیگر چالش پیش‌روی این بخش است. تنها حدود 10درصد حمل‌ونقل کشور از طریق ریل انجام می‌شود، درحالی‌که این رقم در کشورهای پیشرفته به ۴۰درصد می‌رسد.
کمبود سرمایه‌گذاری در لجستیک دیجیتال و هوشمند: این کمبود در مراحل مختلفی نمایان می‌شود. در درجه نخست باید به ضعف در سیستم‌های ردیابی و مدیریت زنجیره تامین اشاره کرد. بسیاری از شرکت‌های ایرانی از نرم‌‌‌‌‌افزارهای قدیمی استفاده می‌کنند و این موضوع باعث کاهش شفافیت و کارآیی لجستیک می‌شود. کمبود زیرساخت اینترنت اشیا(IoT) و هوش‌مصنوعی از دیگر مصادیق کمبود سرمایه‌گذاری در این بخش است. استفاده از فناوری‌هایی مانند پیش‌بینی تقاضا، مسیریابی هوشمند و انبارداری خودکار در ایران بسیار محدود است.
ناکارآمدی سیستم گمرکی و بوروکراسی اداری: این ناکارآمدی در قالب‌‌‌‌‌های مختلفی ازجمله تشریفات طولانی گمرکی نمایان می‌شود. میانگین زمان ترخیص‌کالا در ایران حدود ۷۲ ساعت است، درحالی‌که این عدد در کشورهای رقابتی کمتر از ۱۲ ساعت است. قوانین دست‌‌‌‌‌وپاگیر از دیگر مصادیق ناکارآمدی گمرک است. تغییرات مکرر مقررات واردات و صادرات، برنامه‌‌‌‌‌ریزی لجستیک را دشوار می‌کند.
وابستگی به حمل‌ونقل جاده‌ای و مصرف بالای انرژی: سهم حمل‌ونقل جاده‌ای از صنعت لجستیک بسیار بالا است، این وابستگی باعث افزایش مصرف سوخت، آلودگی و هزینه‌های عملیاتی می‌شود. ناکارآمدی ناوگان حمل‌ونقل نیز از مشکلات این بخش است؛ میانگین سنی کامیونهای ایرانی بیش از ۲۰ سال‌است که بهره‌‌‌‌‌وری را کاهش می‌دهد.
چالش‌های زیست‌محیطی و پایداری: ما در کشور لجستیک سبز نداریم، به این‌معنی که استفاده از سوخت‌های پاک و کاهش آلایندگی در حمل‌ونقل ایران بسیار محدود است. عدم‌تطابق با استانداردهای جهانی از دیگر مشکلات حاکم بر حوزه حمل‌ونقل است. فشارهای بین‌المللی برای کاهش کربن، می‌تواند صادرات ایران را تحت‌تاثیر قرار دهد.
برای رفع مشکلات یادشده راهکارهای کلیدی مطرح می‌شود که عبارتند از: رفع تحریم‌ها یا توسعه مکانیزم‌های مالی جایگزین (مانند پرداخت‌‌‌‌‌های غیردلاری)، سرمایه‌گذاری در زیرساخت‌های ریلی و بنادر، دیجیتالی‌‌‌‌‌سازی لجستیک با استفاده از فناوری‌های بومی و بین‌المللی و اصلاح قوانین گمرکی و کاهش بوروکراسی. بدون اقدام سریع در این زمینه‌‌‌‌‌ها، ایران در رقابت با کریدورهای بین‌المللی مانند کریدور شمال-جنوب و طرح‌های چینی BRI با مشکل مواجه خواهد شد.